METROID QUEEN (modo difícil)
Combate final contra la Reina Metroide en modo difícil. Este modo se desbloquea una vez has finalizado el juego por primera vez. La gracia de jugar en difícil es que no existen las expansiones, lo que significa que únicamente tienes una barra de vida y un máximo de 10 misiles para pasarte el juego.


PHANTOON
Este enemigo originario de Super Metroid aparece en la misión extra que puedes hacer tras ver los créditos cuando te pasas el juego por primera vez. En esta misión extra Samus regresa a la nave botella para recuperar un objeto muy preciado. El enemigo final de esta misión es Phantoon.